Các vi sinh vật có trong bùn hoạt tính có giống với các vi sinh vật có trong sông không?

Các vi sinh vật trong bùn hoạt tính cũng được tìm thấy ở sông và hồ, và không có vi sinh vật nào đặc trưng cho bùn hoạt tính.
Ví dụ, vorticella, amip và luân trùng có thể được tìm thấy trong bùn hoạt tính, sông, hồ và ao.

Tuy nhiên, vì phần lớn các vi sinh vật có thể chịu được ô nhiễm nước thải nên thành phần và số lượng tổng thể của các vi sinh vật (gọi là hệ vi sinh vật) khác với những vi sinh vật có trong tự nhiên.
Do môi trường của bể phản ứng rất đặc biệt nên rất hiếm khi có hệ vi khuẩn tương tự như trong bùn hoạt tính tồn tại trong tự nhiên.